Qeveria e nxënësve është një strukturë e pavarur e cila krijohet me votim të fshehtë nga nxënësit dhe përbehet nga senatorët e çdo klase. Kjo strukturë përcjell të gjitha problematikat, propozimet e saj në drejtorinë e shkollës dhe është një nga organizmat më të rëndësishëm në shkollë e cila ndikon në rritjen e cilësisë së mësimdhënies.

Në këtë strukturë caktohet një mësues përgjegjës i cili monitoron mbarëvajtjen dhe zbatimin e detyrave të qeverisë së nxënësve. Qeveria e nxënësve zgjidhet çdo vit dhe presidenti i shkollës propozon tek drejtori çdo ide apo kërkesë që paraqitet në Qeverinë e nxënësve.